תיאום הפעולות בשטחים (מתפ"ש)
מתאם הפעולות בשטחים מופקד על מדיניות הממשלה בנושאים האזרחיים הנוגעים ואחראי לביצועה.
משק לשעת חירום (מל"ח)
התוכניות וההנחיות להפעלת המשק האזרחי של המדינה בשעת חירום, נקבעות ע"י ועדה בראשות שר הביטחון,
שחברים בה המנכ"לים של משרדי הממשלה ומשתתפים נוספים. (ראשי רשויות ארציות).
בד"כ סגן לשר הביטחון מנחה ומכוון את נושאי המל"ח.
שר הביטחון ממנה ממלא מקום קבוע ליו"ר הועדה, המופקד על מערך המל"ח ועל מטה מל"ח ארצי שהוא גוף המטה הסדיר והמרכזי של ועדת המל"ח העליונה.
מטה מל"ח ארצי פועל במסגרת הארגונית של משהב"ט.
מבקר מערכת הביטחון
פועל כגוף ביקורת, פיקוח וייעוץ, שבאמצעותו מקבלים שר הביטחון,
הרמטכ"ל ומנכ"ל משהב"ט תמונות מצב והמלצות בקשר לכשירות, לכוננות,
לסבירות ולחוקיות של פעילות מעהב"ט (צה"ל ומעהב"ט האזרחית).
הביקורת נערכת בתחומים כלכליים, משקיים, ארגוניים ומבצעיים: בצה"ל,
במשהב"ט ובגופי מעהב"ט האזרחית וכן בגופים שהמשרד משתתף בהנהלתם או
תומך בהם בהקצבות כספיות.
האגף הביטחוני חברתי
האגף מופקד על ביצוע מדיניות שר הביטחון בנושאי ההתיישבות הביטחונית והכוונת הנוער להתיישבות, למשימות ביטחון ולמשימות לאומיות, במיוחד לגבי נוער לפני גיוסו.
ראש האגף מוכוון ע"י שר הביטחון באשר למשימותיו וע"י המנכ"ל בכל הנוגע לנושאי תכנית עבודה, תקציב, וכח אדם.
נציב קבילות חיילים (נקח"ל)
נציב קבילות החיילים משמש כתובת מרכזית לקבילות חיילי צה"ל.
הנציב מתמנה ע"י שר הביטחון בהתייעצות עם שר המשפטים ובאישור
ועדת החוץ והביטחון של הכנסת והוא פועל על-פי חוק השיפוט הצבאי, התשט"ו - 1955.
הנציב מופקד על פעילות יחידת נקח"ל שהיא יחידה צבאית הפועלת
במסגרת משהב"ט.