ייעודו העיקרי הוא תכנון, ניהול ובקרה של תקציב הביטחון. האגף פועל כגוף משותף למשהב"ט ולצה"ל. ר' את"ק הוא גם היועץ הכספי לרמטכ"ל והוא כפוף במקביל למנכ"ל ולרמטכ"ל.
האגף משולב בכל תחומי עבודות המטה במעהב"ט ומייצג את המערכת מול הכנסת ומשרדי הממשלה ובמיוחד מול משרד האוצר. במספר תחומים מרכזיים, האגף ממלא פונקציות בלעדיות כמו הערכת מצב תקציבית שנתית ורב שנתית, במטבע מקומי ובמטבע סיוע,כבסיס לתוכניות העבודה של מעל ל - 50 גופים
תקציבים במעהב"ט (זרועות צה"ל, פרויקטים מרכזיים וגופים במשהב"ט).
לאת"ק מעורבות גדולה בתהליכי קבלת ההחלטות והביצוע. את"ק מסתייע בעבודתו בכלים ממוחשבים לתכנון ובקרת התקציב.
האגף עוסק גם ביעוץ והנחייה בתחום התקציב וכן בפיתוח שיטות לשפור הניהול התקציבי ושיטות הדרכה בתחום התקציב.
באגף מתבצעת בקרה ומעקב שוטפים אחרי ביצועה של תוכנית ההתקשרות במשהב"ט ובצה"ל בהתאם להוראות חוק יסודות התקציב,
הסכמים עם האוצר והכנסת ובהתאם לפקודות הצבא.
אגף הכספים (אכ"ס)
בראש אכ"ס עומד חשב המשרד אשר מתמנה ע"י החשכ"ל במשרד האוצר.
אכ"ס מופקד על תכנון, ניהול וביצוע הפעילויות הכספיות של מעהב"ט בארץ ובחו"ל.
תחומי האחריות העיקריים הם: פיקוח על ביצוע תקציב הביטחון, מימון, תשלומים, גביית הכנסות, קביעת תנאים כספיים בעסקות, הסדרי אשראי והסדרים עם מוסדות פיננסיים, בדיקה, אישור וחתימה על התקשרויות של מעהב"ט, ניהול מערכת הנהלת חשבונות והפקת מאזן מאוחד, משכורות העובדים, תגמולים לזכאי אגף השיקום, נסיעות חו"ל, הכוונה מקצועית בנושאי כספים ותכנון שיטות חשבונאיות.
ההיערכות הארגונית העיקרית של אכ"ס היא במסגרות ארגוניות מודולריות (חטיבות, מערכות ומחלקות) הפועלות במקביל לדרגי הביצוע של הגופים הרוכשים והמתקשרים במשרד.
אכ"ס גם ערוך מול נושאים מרכזיים, כגון: הנהלת חשבונות מרכזית, מימון, גבייה ותשלומים.
אגף ארגון בקרה ומינהל (אב"מ)
הייעוד של אגף אב"מ הוא להוות גוף מרכזי במשהב"ט בנושאי ארגון, בקרה, שעת חירום ומינהל ציבורי. האגף מופקד על הנושאים הבאים:
פיתוח ארגוני של משרד (גיבוש תורת הניהול, מבנים ארגוניים, שיאים ותקני כוח אדם);
תכנון וקביעת תהליכי עבודה, הגדרת סמכויות, הכנת הוראות משרד הביטחון (המ"ב)
ותיאום הקשר עם צה"ל בנושאי הוראות ופקודות. תכנון מערכות בקרה ניהולית;
התכנית ל"ניהול איכותי" במשהב"ט; היערכות לשעת חירום במעהב"ט (אחריות מטה
לפעולות התכנון, הארגון התיאום במשרד ועם גופי צה"ל, לרבות תרגילים);
שכר עידוד לעובדי משהב"ט ונושאי מינהל ציבורי שונים.
בראש האגף עומד סמנכ"ל ור' אגף אב"מ, אשר מופקד במשהב"ט גם על ריכוז עבודת מטה של האגפים בנושאים שונים המונחים ע"י המנכ"ל. כמו כן, מתאם את פעילות הממונה על ענייני ביקורת המדינה במעהב"ט.
בדיקות וניתוחים כלכליים הקשורים ברכש ובקבלת החלטות כלכליות.
תאום תעשיות ביטחוניות ממשלתיות (ריכוז עמ"ט במשהב"ט - הפרטות, מיזוגים, פיצולים, תוכניות הבראה, שמירת אינטרסים ביטחוניים, תשתית מוקדי ידע ועוד)
קביעת המדיניות הכלכלית של ההרכשה במשרד.
אחריות לקביעת תעריפים, מחירונים ומחירים, יצירת כלים ומתודולוגיות כלכליות תומכות החלטה.
פרסום מדדים, תחזיות כלכליות, ניתוחי השפעת מאקרו של תקציב הביטחון על המשק המקומי ועוד.
כמו כן משמשת, כ"רשות מוסמכת" למתן היתרי עמלות לסוכנים, בגין עסקאות ייבוא של ציוד צבאי על פי חוק הפיקוח על מצרכים ושירותים.
דוברות משהב"ט
דובר המשרד מופקד בעיקר, על הקשר עם כלי התקשורת השונים בכל הנושאים הקשורים במשהב"ט ויח' הסמך, כגון:
ייזום פרסומים והודעות לכלי התקשורת, מתן תגובות לפרסומים, ייזום ותיאום ביקורים של עיתונאים בגופי המערכת,
טיפול בכיסוי העיתונאי של אירועים הקשורים למערכת, הפצת תקציר עיתונות יומי לידיעת הסגל הבכיר של המשרד.
תשלומים מקוונים
