המנהל הכללי
של משהב"ט ממונה על אגפי המשרד ויחידותיו, משלחות ונציגויות
המשרד בחו"ל ויחידות הסמך של משהב"ט; מתאם ומכוון את הפעילות של
מעהב"ט האזרחית
על כל שלוחותיה.
בלשכת המנהל הכללי פועלים עוזר המנכ"ל, ושני עוזרי מנכ"ל לניהול,
המסייעים לו בניהול עבודת המטה, בתיאום הפעילות ובבקרת הביצוע.
המשנה למנהל הכללי
ראש האגף למבצעים לוגיסטיים ונכסים (אמו"ן)
הוא גם המישנה למנכ"ל וממלא מקום המנכ"ל בהיעדרו.
בתפקידו כמישנה כפופות אליו היחידות: ההוצאה לאור, ארכיון צה"ל ומעהב"ט, היחידה להסטוריה, היחידה לפניות ותלונות הציבור.
גופי ההרכשה
הגופים הארגוניים בתוך משרד הביטחון המופקדים על ביצוע רכש, לסוגיו השונים,
עבור צה"ל, הם:
מינהל ההרכשה והיצור (מנה"ר).
מינהל המחקר והפיתוח (מפא"ת).
אגף הבינוי.
אגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים (אמו"ן). (*)
(*) פועל גם כגוף רכש בתחומים מוגדרים, לצרכים הפנימיים של משהב"ט.