אחד מ"יהלומי הכתר" של תכנית פסגות הוא תהליך השיבוץ האישי לכל בוגר. בתהליך מורכב ופרטני משובצים בוגרי התכנית בליבת מערכי המחקר והפיתוח של צה"ל בהתאם לצרכי מערכת הביטחון, תוך שימת דגש על התאמת הבוגר לתפקיד בו יתקדם ובו ימצה ככל האפשר את יכולותיו, ובהתחשבות בנטיותיו.
הבוגרים מיועדים למחקר ולפיתוח טכנו-מבצעיים של מערכות מורכבות מסוגים שונים, כמו: מערכות חימוש, מערכות שליטה, מערכות מודיעין והגנה. בהמשך, מיועדים הבוגרים להפוך למוקדי ידע או למובילים של צוותי פיתוח ופרויקטים.